Probis ursprung finns i forskningen vilket också präglar organisationen. Av bolagets tjugo anställda arbetar nio personer inom forskningsorganisationen, som även omfattar Quality Assurance, Regulatory Affairs och patentskydd. För att garantera att forskningsresultaten omsätts i produkter har Probi en produktutvecklingsfunktion som ansvarar för och etablerar extern produktion av exempelvis tabletter eller drycker. Dessa funktioner stödjer de två affärsområdena Functional Food och Consumer Healthcare.

Probis operativa ledning utgörs av VD, CFO, Forsknings- och Utvecklingsdirektör samt marknads- och försäljningsdirektör. Respektive affärsområde leds av en marknads- och försäljningschef.